Когда немецко-фашистские войска приближались к Москве, по решению Советского правительства, 2-й Московский медицинский институт в октябре 1941 года был эвакуирован в Омск.
В институте работал военный факультет, который располагался в главном корпусе института на улице Ленина. Военный факультет готовил военных врачей различных медицинских специальностей. Начальник факультета – военврач I ранга Акодус Яков Иосифович. На факультете работали военные кафедры: военных и военно-санитарных дисциплин, санитарно-химической защиты, военной эпидемиологии, военной гигиены, госпитальной хирургии и др.
Кафедру госпитальной хирургии с курсом военно-полевой хирургии возглавлял заслуженный деятель науки, профессор, бригадный врач Левит Владимир Семёнович (в последующем первый заместитель Главного хирурга Красной Армии, генерал-майор).
Калмыков Порфирий Евдокимович, военврач I ранга. Начальник кафедры гигиены. (В последующем доктор медицинских наук, профессор Военно-медицинской академии, генерал-майор).
«На 4 курсе меня перевели на военный факультет 2 ММИ. Как все надел форму и жил на казарменном положении. В октябре 1941-го нас эвакуировали, на Ярославском вокзале погрузили в товарные вагоны и повезли. Мы не знали куда, только направление – на восток. Как оказалось, нас везли в Омск. Питание не было организовано, а ехали мы две недели. По дороге продали все, что на нас было и можно было продать. Как мы выжили во время этого путешествия, до сих пор понять не могу. В Омске нас уже кормили при военном училище, в общежитии Омского медицинского института. Нас устроили в казармы. Весной мы заканчиваем 5 курс, после сдачи госэкзаменов получаем звание военврача 3 ранга и «шпалу в петлицу» и едем в Москву за предписанием»…(Из воспоминаний Александра Сергеевича Павлова)
Павлов Александр Сергеевич, советский радиолог-онколог, вице-президент Академии медицинских наук СССР. Выпускник 1942 года. Участвовал в Сталинградской и Курской битвах, взятии Берлина. Награждён орденами Ленина, Октябрьской Революции, Отечественной войны I и II степеней, Трудового Красного Знамени, Дружбы народов.
15 марта 1942 года состоялся выпуск военных врачей, окончивших в Омске военный факультет. Всем им было присвоено звание военврача III ранга. Они убыли на фронт. Об их самоотверженности и мужестве говорят наградные листы.
Условия жизни, быта, учебного процесса, как студентов, так и профессорско-преподавательского состава были крайне неблагоприятными. Но, несмотря на все трудности, студенты хорошо учились и с чувством большой ответственности перед Родиной выполняли общественные поручения. Наряду с напряженной учёбой, студенты заготавливали дрова для отопления института, общежитий и госпиталей, проводили уборку помещений госпиталей, заготавливали хвою для получения концентратов витамина «С», крайне необходимого для раненых. В летнее время принимали участие в уборке урожая. Они собрали средства для постройки самолета «Советское студенчество», за что получили благодарность от Советского правительства.
Военно-медицинская подготовка студентов в период пребывания в Омске организовывалось и проводилось под руководством профессора Гецова Герасима Борисовича. Для проведения занятий по военно-медицинской подготовке, военной топографии, огневой, физической и общевойсковой подготовке привлекались офицеры из военных училищ…
(Из краткой справки создания и становления военного факультета при 2-м Московском государственном медицинском институте)
Функционирование военного факультета при институте оказало положительное влияние на организацию учебно-методической и учебно-воспитательной работы кафедры военных и военно-санитарных дисциплин института. Профессорско-преподавательский состав военного факультета оказал практическую помощь в разработке учебно-методической документации, проведении полевых занятий, совершенствовании учебно-материальной базы.
После разгрома немецко-фашистских войск под Москвой и изгнании их с территории Московской области, Советским правительством в ноябре 1942 года было принято решение возвратить институт из Омска в Москву.